舞台は前作と同じ名前の荒れた星「ファルガイア」。はるか昔、「焔の災厄」と呼ばれる魔神ロードブレイザーがこの星を焼きつくそうとしましたが、聖剣アガートラームを手にした「剣の聖女」がみずからと引きかえに封じたと伝えられています。
物語は3人の物語から始まります。メリアブールの銃士隊の青年アシュレー、解放戦争の英雄から一転して戦犯として追われるブラッド、優秀な姉に追いつこうとする見習い魔法使いの少女リルカ。 3人は、テロ組織「オデッサ」に立ち向かうために作られた特殊部隊「ARMS」で出会い、世界をめぐる戦いに巻き込まれていきます。
テーマは「英雄とは何か」。ディスク2枚組の長い物語です。
アシュレーは新しい部隊ARMSの一員に選ばれますが、剣の大聖堂での結成式の夜、オデッサが「降魔儀式」を起こし、仲間の銃士たちはみな魔物に変えられてしまいます。 ただひとり生き残ったアシュレーの中には、魔神ロードブレイザーと聖剣アガートラームの両方が宿り、黒い騎士「ナイトブレイザー」に変身する力を持つようになります。
ARMSの指揮官アーヴィングは、アシュレーにブラッドとリルカを加えて部隊を作り直し、オデッサと戦わせます。のちにメリアの孤児でガーディアンと話せる少年ティム、アシュレーの中の魔神を狙う賞金稼ぎカノンも加わります。
オデッサの首領は元革命家のヴィンスフェルト。その下には「コキュートス」と呼ばれる4人の幹部（トロメア、カイーナ、アンテノーラ、ジュデッカ）がいます。 ARMSは各地で幹部たちと戦い、巨大な「魔界柱」を攻略したあと、オデッサの本拠ヘイムダル・ガッツォーに乗り込んでヴィンスフェルトを倒します。
オデッサとの戦いが終わっても、世界の危機は終わりません。アシュレーの中のロードブレイザーが目覚めはじめ、アシュレーは自分の中の魔神と向き合うことになります。 さらに、ファルガイアをむしばむ異世界「カイバーベルト」がせまってきます。
生き残ったカイーナは、アシュレーの幼なじみマリナをさらいます。助けに来たアシュレーは、より魔神に近い姿「オーバーナイトブレイザー」に変わり、その姿にマリナは最初アシュレーだと受け入れられずに拒んでしまいます。
じつはアーヴィングは、裏でオデッサにお金を出していました。カイバーベルトに立ち向かうには国どうしが一つにまとまる必要があり、そのために「みんなが団結するための分かりやすい敵」としてオデッサを育て、同時にARMSを作って戦わせていたのです。 最後にアーヴィングは、自分と妹アルテイシアをカイバーベルトの器にし、アシュレーたちはその器ごとカイバーベルトを打ち砕きます。
残る敵は、アシュレーの中のロードブレイザー。アシュレーはアガートラームを手に、ファルガイアに生きる人々の思いを力に変えて、魔神を打ち倒します。特別な一人ではなく「誰もが英雄になれる」ことが示されて、物語は幕を閉じます。
| 人物 | 立場 | 関係 |
|---|---|---|
| アシュレー・ウィンチェスター | 主人公 | メリアブール銃士隊の青年。ナイトブレイザーに変身する |
| ブラッド・エヴァンス | 仲間 | 解放戦争の英雄だったが、戦犯として追われていた |
| リルカ・エレニアック | 仲間 | 見習いのクレストソーサレス。優秀な姉がいる |
| ティム・ライムレス | 仲間 | メリアの孤児。ガーディアンと話せる |
| カノン | 仲間 | 賞金稼ぎ。アシュレーの中の魔神を倒そうとつけ狙う |
| マリアベル・アーミティッジ | 仲間（隠し） | 長生きの種族ノーブルレッドの少女。仲間にしなくてもクリアできる |
| マリナ・アイリントン | 協力者 | アシュレーの幼なじみ |
| アーヴィング・フォルド・ヴァレリア | ARMS指揮官 | 剣の聖女の血を引くヴァレリア家の人。裏でオデッサを支援していた |
| アナスタシア | 伝説の人物 | 昔ロードブレイザーを封じた「剣の聖女」 |
| ヴィンスフェルト・ラダマンテュス | 敵 | オデッサの首領。元革命家 |
| トロメア／カイーナ／アンテノーラ／ジュデッカ | 敵 | オデッサの幹部「コキュートス」の4人 |
| ロードブレイザー | 敵（ラスボス） | 「焔の災厄」と呼ばれる魔神。アシュレーの中にいる |
| カイバーベルト | 敵 | ファルガイアをむしばむ異世界 |
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