舞台は荒れた大地が広がる世界「ファルガイア」。千年前、故郷の星を失った「魔族」がこの星に攻めてきて、人間・エルゥ・守護獣（ガーディアン）が力を合わせて退けました。その戦いの傷あとで、大地は今も荒れたままです。
物語は、立場も目的もちがう3人の物語から始まります。禁じられた武器「アーム」を持つために村にいられなくなった少年ロディ、「究極の力」を探して旅をする剣士ザック、魔法学校で学び、ガーディアンの声を聞いた王女セシリア。 3人はアーデルハイドの町で出会い、よみがえろうとする魔族の企みに立ち向かうことになります。
3人のプロローグは、好きな順番で遊べます。
3人は、古代の兵器「ゴーレム」を研究するエマの調査を手伝い、ゴーレムを町の博覧会に運びます。そこへ魔族の幹部たち「ナイトクォーターズ」が攻めてきて、町は焼かれ、ゴーレムは奪われます。 セシリアの父である王も命を落とします。セシリアは町の人を守るため、王家に伝わる「なみだのかけら」を魔族のベルセルクに渡しますが、それは魔族の母「マザー」をよみがえらせるのに使える品でした。
3人は魔族を止める旅に出ます。最後のゴーレム「アースガルズ」を目覚めさせて味方にし、魔族の本拠地へ乗りこみます。 ところが、よみがえったマザーは、魔族の故郷を滅ぼしたのも自分であり、ファルガイアも滅ぼしたあと、ナイトクォーターズさえ食らうつもりだと明かします。ナイトクォーターズのリーダー、ジークフリードはマザーを裏切り、3人はマザーの体を打ち倒します。
ジークフリードたちは、あらためてファルガイアの征服に動き出します。その戦いの中でロディは片腕を失い、自分が人間ではなく、魔族の技術をもとに作られた戦闘用の人造人間「ホムンクルス」だと知ります。 ザックは、ナイトクォーターズの女剣士レディ・ハーケンが、かつての仲間エルミナが魔族に変えられた姿だと知り、苦しみながらも決着をつけます。
魔族は巨大な塔「カ・ディンギル」をよみがえらせ、空のかなたの古代の施設「マルドゥーク」とつなぎます。3人がそこでジークフリードを追いつめると、その体はすでにマザーに乗っ取られていました。 3人はマザーとジークフリードが一つになった存在を倒し、ガーディアンたちの力でファルガイアは救われます。
| 人物 | 立場 | 関係 |
|---|---|---|
| ロディ・ラグナイト | 主人公 | アームを使う少年。育ての親はゼペット |
| ザック・ヴァン・ブレイス | 主人公 | 剣士。しゃべるネズミのハンペンと旅をする |
| セシリア・レイン・アーデルハイド | 主人公 | アーデルハイドの王女。クラン修道院で魔法を学んだ |
| ハンペン | 仲間 | ザックの相棒の「風ネズミ」 |
| エマ | 協力者 | アーデルハイドに住む科学者。ゴーレムを研究している |
| マリエル | 協力者 | 地上に残った最後のエルゥの少女 |
| マザー | 敵（黒幕） | 魔族の母。星を次々に滅ぼしてきた |
| ジークフリード | 敵 | ナイトクォーターズのリーダー。のちにマザーを裏切る |
| アルハザード | 敵 | ナイトクォーターズの一員 |
| ベルセルク | 敵 | ナイトクォーターズの一員。巨大な鉄球が武器 |
| レディ・ハーケン | 敵 | ナイトクォーターズの女剣士。正体はザックの仲間だったエルミナ |
| ブーメラン | 敵 | ベルセルクに代わってナイトクォーターズに入った魔族 |
| アースガルズ | 味方のゴーレム | 「神々の砦」とよばれる最後のゴーレム |
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