サガ フロンティア

レッド編

科学者の父とともに旅をしていたレッドの家族は、悪の組織ブラッククロスに襲われます。命を落としかけたレッドを救ったのは、仮面のヒーロー・アルカールでした。レッドはその力を受けつぎ、アルカイザーに変身できる体になります。

リージョンシップ「キグナス」で機関士見習いとして働きながら事件を解決したあと、船を降りて各地のブラッククロス四天王（シュウザー、アラクーネ、ベルヴァ、メタルブラック）を倒します。最後は戦闘船ブラックレイから組織の本部に乗りこみ、首領、よみがえった四天王、メタルアルカイザー、そして真の首領を倒します。戦いを終えたレッドはヒーローの力を返し、ふつうの暮らしに戻ります。

ブルー編

マジックキングダムでは、双子に生まれた術士は片方を倒して力を一つにするのがおきてでした。ブルーはルージュと戦うため、各地で術の資質を集めます。決戦に勝ったブルーの中には、ルージュの心も残っていました。二人はもともと一人の人間だったと知ります。

真相を確かめにキングダムへ戻ると、国は滅んでいました。キングダムは強い術士を生むために、一人の子どもを二つに分けて戦わせていたのです。地下に封じられていた「地獄」の封印も破られていました。ブルーは地獄に乗りこみ、地獄の君主との最後の戦いにのぞみます。

T260G編

ボロで目を覚ましたメカは、技術者に「T260G」という名前と体をもらいます。少年タイムを助けたあと、剣士ゲンと一緒に外のリージョンへ。体を作りかえながら情報を集め、トリニティの技術者レオナルドの助けで司令部HQにたどりつき、記憶を取り戻します。

T260Gの本当の任務は、リージョンを破壊する兵器RB3を止めることでした。動き出したRB3の中に入り、中枢のジェノサイドハートを倒し、任務を果たします。

リュート編

旅に出たリュートは、トリニティの執政官モンドと出会い、オウミで戦艦ビクトリア号の艦長に会います。艦長は、モンドがかつてリュートの父と同志だったのに、野心にとりつかれて裏切ったことを明かします。リュートは艦長とともにモンドの基地に乗りこみ、巨大な機動兵器グレートモンドを倒します。そのあとリュートはトリニティとリージョンの間をとりもつ役目を任されますが、仕事にはあまり乗り気ではないようです。

エミリア編

婚約者レンを殺した罪で刑務所ディスペアに入れられたエミリアは、アニーとライザの助けで外に出ます。二人は秘密組織グラディウスの一員でした。リーダーのルーファスに誘われてエミリアも仲間になり、任務をこなしながらジョーカーを追います。

最後の任務はヨークランドの聖堂。ジョーカーの手先の妖魔ディーヴァを倒したエミリアの前に、ジョーカーが現れます。ジョーカーの正体はレンにかかわるもので、それまでの行動（バカラでジョーカーを深追いしたかどうか）によって、結末は2通りに分かれます。一方はレンと結ばれる結末です。

アセルス編

妖魔の君オルロワージュの血で生き返ったアセルスは、白薔薇姫の助けで妖魔の都ファシナトゥールを抜け出します。しかし家に帰ると、自分が何年も年を取らずに眠っていたこと、もう人間ではないことを知ります。オルロワージュの追っ手を退けながら逃げ続けますが、闇の迷宮で白薔薇姫を失ってしまいます。

ゾズマにはげまされたアセルスは、自分の生き方を決めるため針の城へ戻り、オルロワージュと戦います。結末は3通り。妖魔として城の主になる結末、永遠の命を捨てて人間として生きる結末、半妖のまま仲間と旅を続ける結末です。どれになるかは、アセルスが妖魔の力（妖魔の武具）をどれだけ使ったか、などで決まります。

クーン編

クーンはスクラップで出会った女性メイレンの助けを借り、各地で指輪を集めていきます。指輪の君ヴァジュイールにも認められ、最後の指輪を手に入れて故郷マーグメルへ帰ると、指輪の力で故郷は美しい姿を取り戻しました。

しかし、メイレンの持つ黒い指輪こそすべての指輪をたばねるもので、その力にのまれたメイレンはマスターリングに姿を変えます。クーンは故郷でメイレンと最後の戦いにのぞみます。